ความเป็นมา พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเล็งเห็นความสำคัญของการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ทรงเริ่มงานพัฒนาอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและความพระบรมฉายาลักษณ์พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารีหลากหลายทางชีวภาพตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๐๓ เป็นต้นมา โดยมีพระราชดำริให้ดำเนินการรวบรวมรักษาพรรณพืชต่างๆ ที่หายากและกำลังจะหมดไป
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๕ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้ทรงสานพระราชปณิธานต่อ โดยพระราชทานให้โครงการส่วนพระองค์ฯ สวนจิตรลดา เป็นผู้ดำเนินการจัดสร้างธนาคารพืชพรรณขึ้น ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๓๖ เป็นต้นมา การดำเนินงานโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (อพ.สธ.) ในระยะที่ผ่านมาถึงปัจจุบัน มีหน่วยงานต่างๆ ร่วมสนองพระราชดำริเป็นจำนวนมาก โดยพื้นที่และกิจกรรมของโครงการได้ขยายและกระจายออกไปสู่ภูมิภาคต่างๆ รวมทั้งมีแนวทางการดำเนินงานที่หลากหลายมากขึ้นโดยลำดับ และได้บรรลุผลก่อให้เกิดประโยชน์ต่อประเทศชาติโดยประจักษ์ชัดแล้ว
